水性环氧涂料的优点是显而易见的，但也存在以下一些缺点：
(1)与有机溶剂相比，水的蒸发热高，这就要求有另外的手段来帮助水的蒸发。在低温和高湿情况下，水的蒸发更侵，使表干时间延长；
(2)水的表面张力较高，这对基材和颜填料的润湿造成因难，尤其是除油不干净的底材更难润湿，需加入基材润湿剂来提高水性环氧树脂涂料对基材的润湿性；
(3)颜填料在水性环氧涂料中的分散稳定性较溶剂型涂料差，易于聚集沉淀；
(4)水的导电率高，易使金属腐蚀，在涂膜干燥过程中发生的闪蚀问题，但用闪蚀抑制剂和活性颜料配合使用，可解决此问题
能与其它水性聚合物体系混合使用，在性能上但也存在以下一些缺点：
(1)与有机溶剂相比，水的蒸发热高，这就要求有另外的手段来帮助水的蒸发。在低温和高湿情况下，水的蒸发更侵，使表干时间延长；
(2)水的表面张力较高，这对基材和颜填料的润湿造成因难，尤其是除油不干净的底材更难润湿，需加入基材润湿剂来提高水性环氧树脂涂料对基材的润湿性；
(3)颜填料在水性环氧涂料中的分散稳定性较溶剂型涂料差，易于聚集沉淀；
(4)水的导电率高，易使金属腐蚀，在涂膜干燥过程中发生的闪蚀问题，但用闪蚀抑制剂和活性颜料配合使用，可解决此问题。